Hiện các hồ chứa ở miền Bắc như hồ Sơn La, Hòa Bình, Thác Bà, Tuyên Quang, chủ yếu là cấp nước sinh hoạt, phục vụ tưới tiêu cho nông nghiệp và phát điện. Trong khi đó, nhu cầu sử dụng nước ngày càng tăng, hồ chứa lượng nước xả trong mùa cạn bị suy giảm, làm gia tăng tình hình cạn kiệt. Nguyên nhân là do việc sử dụng và khai thác tài nguyên nước từ trước đến nay không theo quy hoạch, kế hoạch, khai thác không bền vững; các vấn đề cấp, thoát nước chưa được chú trọng, đặc biệt với các công trình thủy điện chỉ nghiên cứu lượng nước để phục vụ phát điện mà chưa quan tâm đến các vấn đề khác. Bên cạnh đó, qui trình vận hành các hồ thủy điện ở miền Bắc chưa thể hiện được nhiệm vụ điều tiết nước ổn định cho mùa cạn và tiêu thoát lũ cho mùa mưa bão.
Thứ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường Nguyễn Thái Lai cho rằng: Cần phải rà soát lại quy hoạch các thủy điện, nghiên cứu kỹ để có đánh giá tác động cụ thể của từng công trình; có kế hoạch đầu tư, nghiên cứu theo lộ trình, cần tập trung phân tích nhu cầu sử dụng nước ở hạ lưu; nghiên cứu khắc phục những công trình đã được xây dựng trước đây để không làm tăng thêm lũ vào mùa mưa, đảm bảo nguồn nước vào mùa kiệt; tăng cường công tác dự báo, đặc biệt tập trung vào công tác quan trắc lưu lượng nước để có kế hoạch phòng chống kịp thời. Bởi vậy, việc xây dựng các quy trình vận hành liên hồ chứa cho cả mùa lũ và mùa kiệt là rất cấp thiết.
Theo đó, dòng chảy tối thiểu phải đảm bảo hệ thủy sinh cho con sông được sống, đảm bảo đủ nước cho việc phát triển các nhu cầu khác như cấp nước tưới, sinh hoạt, công nghiệp, giao thông, du lịch, đẩy mặn làm đầu vào cho bài toán vận hành liên hồ; đồng thời áp dụng công cụ thống kê và mô hình toán hiện đại để xác lập cơ sở khoa học xây dựng quy trình vận hành liên hồ chứa; phân tích xác định các mối quan hệ giữa các yếu tố thủy văn – thủy lực và yếu tố sinh thái để đưa ra cách đánh giá chế độ dòng chảy môi trường phù hợp, làm cơ sở cho xây dựng quy trình vận hành liên hồ chứa mùa cạn.